Inkapasitaatio: Inkapasitaatio tarkoittaa lentäjän toimintakyvyn menetystä ja se voi olla joko täydellinen tai osittainen. Kahden ohjaajan miehistössä toinen lentäjä huomaa tilanteen ja pystyy hoitamaan tilanteen. On ehdotettu, että lentäjää biomonitoroidaan elintoimintojen ja väsymyksen suhteen, ja hälytysrajan ylittyessä, lepäävä lentäjä herätetään. Kuitenkaan tällä hetkellä ei ole riittävän hyviä monitorointikeinoja eikä varsinkaan osittaista inkapasitaatiota pystytä monitoroimaan. Lisäksi hälytysrajojen asettelu on vaikeaa; jos ne ovat liian löysät, tulee paljon ns turhia hälytyksiä ja lepäävän lentäjän lepo keskeytyy. Toisaalta jos ne ovat liian kireät, ei monitoroinnista ole oikein hyötyä.
Operatiivisesti tulee myös pystyä hoitamaan tilanne, jossa inkapasitaatio tapahtuu samanaikaisesti kriittisen tilanteen, esim TCAS väistön, painekadon tai autopilotin vikaantumisen yhteydessä.
Fyysiset tarpeet: Yhden lentäjän tulee lentää koko ajan, eikä voi poistua tuoliltaan edes lyhyeksi aikaa, ellei toinen lentäjä ota kontrolleja siksi aikaa. Vielä ei ole ratkaistu, miten mahdolliset WC-tauot saadaan hoidettua yhdellä ohjaajalla lennettäessä. Yleensä ihmiset pärjäävät hyvin 2-3 tuntia käymättä WC:ssä, mutta esim. eturauhasongelmat miehillä tai kuukautiset naisilla saattavat laukaista tarpeen päästä WC:hen akuutisti. Erilaiset keräilyastiat tai vaipat, joita esim pitkillä sotilaslennoilla voidaan käyttää, eivät ole ratkaisuja. Ne eivät ratkaise asiaa ulostamistarpeen syntyessä. Aina voidaan herättää toinen lentäjä, mutta silloin palataan takaisin usean ohjaajan miehistöön.
Väsymys: Toisen lentäjän puuttuminen poistaa kahden ohjaajan miehistön käytössä olevia väsymyksen hallintakeinoja, kuten keskustelun, hallitun ohjaamolevon ja venyttelyn mahdollisuuden. Hanketta kuitenkin perustellaan väsymystä vähentävänä, koska toinen ohjaaja voi nukkua, mutta tämä peruste on aika ontto. Väsymys kasvaa merkittävästi, jos toinen lentäjä ei ole saanut nukuttua kunnolla esimerkiksi turbulenssin takia. Lopputuloksena hänen on lennettävä yksin väsyneenä ilman tehokkaita hallintakeinoja.
Uni-inertia: Jos ihminen herätetään kesken unien, olo on tokkurainen ja tahmea. Tätä kutsutaan uni-inertiaksi. Uni-inertia on usein ohi 10-15 minuutin kuluessa, mutta voi kestää jopa puolitoista tuntiakin. On sanomatta selvää, että toimintakyky uni-inertian aikana on alentunut.
Mielenterveysongelmat ovat korostuneessa asemassa RCO konseptissa, sillä lentäjän viettäessä pitkiä aikoja yksin ohjaamossa mielenterveysongelmien havaitseminen ja hallinta tulee haasteelliseksi. On pohdittava, voidaanko mielenterveys arvioida luotettavasti lääketieteellisissä tarkastuksissa. Myös pitkän yksinolon vaikutuksia lentäjän psykologiseen tilaan tulisi tutkia tarkemmin, sillä tämä saattaa lisätä riskiä. German Wingsin tragedian jälkeen tuli viranomaissuositus, että ohjaamossa tulisi olla aina kaksi henkilöä, myös toisen lentäjän käydessä WC:ssä. Nyt yhtäkkiä nämä suositukset näyttävät olevan täysin irrelevantteja.
Yksittäisen lentäjän vastuu ja tehtäväkuorma kasvavat, mikä lisää riskiä kognitiiviseen ylikuormitukseen ja virhearvioihin. Tämä voi olla erityisen vaarallista hätätilanteissa tai inkapasitaation yhteydessä, jolloin nopeita päätöksiä tarvitaan.
Ikä on merkittävä inkapasitaation riskitekijä, ja RCO-toiminnassa ikärajoitukset saattavat olla tarpeen.
Inkapasitaatioriskinarvio Tällä hetkellä lääketieteellinen inkapasiaatioriskinarviointi, perustuu usean ohjaajan miehistöön. Tämä riskinarvio täytyy arvioida uudelleen yhden lentäjän tilanteessa, jossa hyväksyttävä inkapasitaatioriski on pienempi kuin usean ohjaajan miehistössä. Myös lievemmät tapaukset, kuten vatsataudit, voivat vaikuttaa merkittävästi yhden lentäjän kykyyn operoida lentokonetta.
Uusi lääketieteellinen kelpoisuusluokka?: Koska yhden lentäjän toiminnassa hyväksyttävä inkapasitaatioriski on pienempi, se saattaa johtaa kokonaan uuden lääketieteellisen kelpoisuusluokan tarpeeseen. Lisäksi osa jo olemassa olevista rajoituksista (OML-rajoitus) on poissuljettu RCO-toiminnassa ja sulkee osan lentäjistä jo nyt tämän toiminnan ulkopuolelle.